Struktur Organisasi Bappeda Pekanbaru berdasarkan Peraturan Walikota Pekanbaru nomor 18 Tahun 2008 tentang Rincian Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Lembaga Teknis Daerah di Lingkungan Pemerintah Kota Pekanbaru (Bab V Pasal 60 dst) yang dijabarkan dari Peraturan Daerah Nomor 9 Tahun 2008 tentang Pembentukan Susunan Organisasi, Kedudukan dan Tugas Pokok Lembaga Tekhnis Daerah di Lingkungan Pemerintah Kota Pekanbaru.
- Kepala Badan
- Sekretariat
- Kepala Sub Bagian Kepegawaian, Umum dan Perlengkapan
- Kepala Sub Bagian Keuangan
- Kepala Sub Bagian Penyusunan Program
- Kepala Bidang Pengembangan Permukiman dan Prasarana Wilayah
- Kepala Sub Bidang Permukiman dan Tata Ruang
- Kepala Sub Bidang Prasarana Wilayah
- Kepala Bidang Sumber Daya
- Kepala Sub Bidang Sumber Daya Manusia
- Kepala Sub Bidang Sumber Daya Alam dan Lingkungan
- Kepala Bidang Perekonomian dan Pertanian
- Kepala Sub Bidang Perekonomian
- Kepala Sub Bidang Pertanian
- Kepala Bidang Kesejahteraan Sosial dan Kependudukan
- Kepala Sub Bidang Kesejahteraan Sosial
- Kepala Sub Bidang Kependudukan
- Kepala Bidang Penelitian, Statistik dan Pemerintahan
- Kepala Sub Bidang Penelitian dan Statistik
- Kepala Sub Bidang Pemerintahan
- Unit Pelaksana Unit Badan
- Kelompok Jabatan Fungsional
Struktur Organisasi Bappeda Pekanbaru berdasarkan Perda Kota Pekanbaru nomor 8 tahun 2001 tentang Perubahan Peraturan Daerah Kotamadya Pekanbaru nomor 5 tahun 1988 tentang Pembentukan, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Badan/Kantor di Lingkungan Pemerintah Kotamadya Pekanbaru terdiri dari:
- Kepala
- Sekretaris
- Kepala Sub Bagian Penyusunan Rencana Kegiatan
- Kepala Sub Bagian Umum dan Perlengkapan
- Kepala Sub Bagian Keuangan
- Kepala Sub Bagian Dokumentasi dan Informasi
- Kepala Bidang Penelitian
- Kepala Sub Bidang Penelitian
- Kepala Sub Bidang Pengembangan Sitem Perencanaan
- Kepala Sub Bidang Evaluasi
- Kepala Sub BidangAgraria
- Kepala Bidang Ekonomi
- Kepala Sub Bidang Pertanian
- Kepala Sub Bidang Industri dan Perdagangan
- Kepala Sub Bidang Koperasi dan Dunia Usaha
- Kepala Bidang Sosial Budaya
- Kepala Sub Bidang Perhubungan & Pariwisata, Seni Budaya
- Kepala Sub Bidang SDA dan Sumber Daya Lingkungan
- Kepala Sub Bidang Kesehatan dan Kesejahteraan Sosial
- Kepala Sub BidangTransmigrasi dan Keluarga Berencana
- Kepala Bidang Fisik dan Prasarana
- Kepala Sub Bidang Agama, Pendidikan dan Budaya
- Kepala Sub Bidang Pemukiman dan Pengembangan Wilayah
- Kepala Sub Bidang Pertambangan dan Energi
- Kepala Bidang Perencanaan Daerah Bawahan
- Kepala Sub Bidang Kerjasama Pembangunan
- Kepala Sub Bidang Pengembangan Kawasan
- Kepala Sub Bidang Statistik dan Pelaporan
- Kelompok Jabatan Fungsional
